権利書を紛失していてもお手続きを進めることは可能です。

1. 事前通知制度と
2. 本人確認情報制度があります。

1は、法務局から通知されてくる文書に対して、本人に間違いない旨の回答をする制度です。
2は、司法書士が本人に直接お会いして、本人確認資料（運転免許証など）の提示をうけて、
本人に間違いないことを証明する制度です。

不動産売買は、様々な要因から上記2の制度により行います。
司法書士が上記2の手続を行うことにより、権利書があるのと同様に手続きを進めることができます。